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此外，尽管Evo在各类检验中都表现优异，但它有一个天生的缺陷。由于训练它使用的是细菌等原核生物的基因组，因此它不懂真核生物（比如人类细胞）的基因组语言。但2025年2月，有关Evo的论文在《科学》杂志上正式发表仅三个月后，同一批研究者就在论文预印本网站提前释出了他们有关Evo的进阶版Evo2的论文。Evo2的训练文本不仅包括原核生物的DNA，也包括了真核生物的DNA，而且在训练“强度”和模型规模上都远远超过了Evo：训练用文本的最大长度达到了100万个词素（也就是100万个核苷酸），整个训练过程使用的文本总长为9.3万亿个核苷酸，模型共有400亿个参数，生成的单条DNA序列最长可以有200万个核苷酸。
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